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【缺陷一】 政策缺陷，產權不清
【表現和原因】合理規范的流轉政策是實現可持續發展的前提。在集體建設用地流轉方面，城鄉建設用地指標增減掛鉤的政策漏洞，直接誘導地方政府和集體組織聯合開發商強拆村莊，強占農田，損害農民利益。為了爭取建設用地指標，由政府主導村莊改造，以整治為名擴大城鎮建設用地規模，不征求群眾意見，大搞城鎮化。農民“被上樓”，加之分配機制不完善，農民享受不到土地的增值收益。
在農用地流轉方面，轉包期無最低期限的規定，不利于受讓方利益的保護。由于受讓方只享有土地經營權，一旦出現糾紛，受讓方往往會被迫放棄經營權，投資受損，沒有長期經營保障，就無法吸引有實力的經濟實體，不利于農業產業化發展。
產權清晰是市場機制正常運作的基本保證。當前農村土地產權關系的權能混亂，產權主體不明。按照《土地承包法》的規定，作為農村土地轉讓權的權利主體，承包農戶可以在平等協商、自愿、有償，不受任何組織和個人強迫和阻礙的條件下轉包、出租、互換農村土地經營權，農地轉讓的價格由當事人協商確定，而轉讓收益歸承包農戶所得，大多數情況下，企業往往繞過農戶，直接與村集體簽約。結果導致農戶的大量土地被村集體收回，農民不但得不到應有的利益補償，而且也得不到有保障的非農就業機會。
【缺陷二】法律缺失，權利模糊
【表現和原因】目前，土地承包權的性質界定以及相關土地權利的規定，還沒有完全上升到法律高度。因此，承包土地的各項權能不能受到法律保護，權利邊界模糊，彈性較大。
盡管我國的政策法規為土地流轉提供了依據，但集體所有土地的使用權轉讓辦法至今仍未出臺，立法的滯后和現有法律的不完備導致土地流轉的正常運行缺乏必要的、有力的法律保障和約束，農民的合法權益難以得到有效保護。
土地所有權的模糊設定，沒有明確土地承包經營權的物權屬性及土地使用權流轉合同的債權屬性，更沒有明確這些權益如何在集體和農戶之間具體劃分，導致在政府推動土地調整與流轉的過程中，村干部擁有了較大的權力，農民處于無權、少利狀態。
【缺陷三】功能單一，保障滯后
【表現和原因】目前，由于我國還沒有建立起覆蓋農村的社會保障體系，農村社會保障項目主要包括社會救濟（貧困人口社會救濟、災民救濟）、社會保障（養老保險、合作醫療）、優撫安置、社會福利和社會互助等5項制度，雖說已初步具備了社會保障體系應有的項目類別，但農村社會保障項目設置的供給量與農民對社會保障的實際需求量之間還存在巨大差距，城鄉社會保障和資源分配失衡，農村社保滯后。
因此，農民的承包地就是農民的“命根子”，對農民而言，除非能找到一份較為穩定具有較高收益的非農崗位的工作，否則不會輕易出讓能給自己提供最基本生存保障的土地。
【缺陷四】
市場不健全，信息不暢通
【表現和原因】從全國來看，許多地區還沒有建立土地承包經營權流轉市場，土地流轉還處于自發、無序狀態。
首先，市場層次結構相對簡單。目前的農地流轉市場從層次結構上來看，最多的僅有二個層次的市場，有的僅存在一個層次的市場，而且即使是二個層次的市場，不同層次之間的關系也不明顯，各層次市場本身也并不完善，如承包地的發包市場和使用權二次流轉市場，一級市場無法對二級市場起到應有的調控作用。這種相對簡單的層次結構，使各級市場之間的反饋和調節功能難以得到有效發揮，市場整體結構不穩定，市場的自我組織和自我調節功能無法實現，供求機制無法正常發揮。
其次，市場類型結構相對單一。這與市場提供的可供交易的產權類別相對較少有關。由于產權界定的問題，承包地使用權抵押市場也不可能存在，因此當前在這一市場上交易的主要貨品實際上只有一種——承包地租賃權，而且大多數租賃權的期限較短。從非農建設用地使用權流轉市場來看，提供的貨品類型也只有兩種：土地使用權出讓和土地使用權出租，基本上不存在土地使用權轉讓、抵押，而且其中的土地使用權出租大多數是由于房屋租賃行為導致的，單純的使用權出租極少。
【缺陷五】
價格無評估，增值難收益
【表現和原因】當前農村還沒有開展土地的定級估價工作，缺乏科學合理的土地價格體系，歷史價格也難以考量，土地價格的形成和確定就有很大的主觀性和隨意性。加之目前農民缺乏對土地價值的準確認識，在土地承包經營權流轉價格的談判中常常處于弱勢地位。土地使用權、承包權和使用權價格體系不建立，內部價格不理順，土地就不可能會有序地大規模地流動。
土地紅利一直是推動我國城鎮化的重要動力，甚至可以說是政府財政體系的支柱和經濟增長的關鍵。而我國農民普遍缺乏資金、技術、信息和市場網絡，在與農業企業等的流轉合作中，農民處于弱勢地位，農民一般都以相對低廉的租金流轉土地承包經營權。而且流轉雙方往往沒有建立合理的收益分配機制，農民難以獲得土地增值收益。在農民以土地承包經營權入股流轉方式中，也普遍存在農民土地股份折價低，與工商資本地位不對等的現象。
【缺陷六】
服務不健全，流轉操作難
【表現和原因】政府部門的流轉服務能力十分薄弱，加上市場體系不健全，使得土地供求雙方的信息流動受阻，信息輻射面狹小，供需雙方信息溝通不順暢嚴重制約了土地承包經營權正常流轉。
首先，缺乏健全的土地流轉交易組織。目前土地流轉的交易組織欠缺主要表現在，農村土地交易的市場基礎設施建設少，場所、機構等都相當缺乏。土地使用權流轉的監督主體缺位，使土地使用權主體的利益經常受侵蝕，不能為主體提供穩定的收入預期，這又阻礙了交易組織的進一步發育。缺乏具體科學的流轉操作程序。
其次，缺乏完善的交易中介服務體系。與普通商品交換相比，土地流轉的運作程序相對復雜，涉及到多個產權主體（所有者、經營者和使用者）的經濟利益。這就要求有完善的中介服務機構利用其由下至上、網絡化、多功能的中介服務體系為之服務，如資產評估機構、委托機構、法律咨詢機構、土地投資機構、土地融資機構和土地保險機構等來幫助產權主體完成這個復雜的程序。
【缺陷七】職能缺位，監督不力
【表現和原因】政府對土地承包經營權流轉的管理職能越位或缺位。目前一些地方政府對土地承包經營權流轉的管理不規范，監督滯后，對自身在土地承包經營權流轉中的職能定位不當。大部分地區沒有成立專門的土地交易平臺和監督管理機構。流轉過程中沒有相應的人員進行管理、指導，農戶間的土地流轉多為口頭協議，根本沒有明確雙方的權利和義務，農戶與企業間的土地租賃合同多數是雙方自行草擬，合同條款不具體，部分草簽的書面合同沒有報告村社集體經濟組織，更沒到主管部門備案，導致合同監督執行不力。
即使出現問題和糾紛，由于農村承包土地糾紛具有標的額小、地域廣、取證難、政策性強的特點，導致村組織難以調解，相關單位不愿解決，仲裁機構無力裁決，訴訟程序成本高，法院不受理等問題，農民的合法權益往往難以得到有效保護。
【缺陷八】農民權力受侵害，土地收益被截留
【表現和原因】由于長期不重視農村社會保障，城鄉社會保障資源的分配嚴重失衡。土地在為農民提供就業崗位和收入的同時，還承擔著重要的社會保障職能。農村社會保障的缺失，使得農民寧愿將土地撂荒也不愿意進行流轉。這就限制了土地流轉工作的推進，阻礙了農業、農村產業結構的調整，導致農民收入增長乏力，農業現代化進程也相對緩慢。
另外，在土地承包經營權流轉中，農民的主體地位往往受到侵害。一些村干部、基層政府以集體享有承包地的所有權為名，宣稱“土地是集體的”，任意收回、越權流轉農戶承包地，剝奪農民的知情權和參與權。
國家政策明確規定“流轉的收益應歸農戶所有，任何組織和個人不得擅自截留、扣繳。”然而，部分地區村集體將本村（組）土地集中起來統一流轉給經營主體，獲得一定的流轉“工作經費”。在多數地區，這些“工作經費”直接支付給了村集體，擁有承包權的農戶卻毫不知情。流轉“工作經費”實際上就是變相截留土地流轉收益，與相關政策規定不相符。
【缺陷九】操作不規范，“非糧化”“非農化”傾向明顯
【表現和原因】一是大多數農戶之間的土地流轉，只有口頭約定，沒有書面合同，即使有書面合同，其內容不完整，在某些方面不具有法律效力，有的未經村社集體經濟組織審查同意。二是土地流轉有的不按規范簽訂合同，合同條款、標的不明確，甚至與現行法規相沖突，如租用土地的時間超過了二輪承包期規定的時間等，有的曲線炒作地皮，實行耕地“農轉非”。三是有的合同未經縣鄉合同管理機構審查、簽證或公證機關公證。目前，還沒有一個鄉（鎮）有比較完整的土地流轉合同檔案，農村土地流轉資料檔案缺乏。四是鎮、村對土地承包經營權流轉行為普遍缺乏合理的引導和規范的管理。有些村甚至存在連鎖流轉現象，接受流轉的農戶又將自己享有的土地承包經營權流轉給其他農戶，形成鎖鏈式流轉。五是農業生產需要投資量大，農作物生長周期長，自然風險和市場風險較大，投資收益率低。因此經濟較發達地區大部分土地流轉后存在“非糧化”傾向和“非農化”現象。
【缺陷十】外部環境制約嚴重，開發業主難引進
【表現和原因】外部環境對農村土地流轉制約嚴重，高收益項目難以選擇，農業開發面臨市場和自然雙重風險。
首先，城鎮化水平對農村土地流轉的影響。如果城鎮不能容納農村轉移出來的勞動力，那么農民就不能真正實現與農村土地的脫離，有限的土地承載著數量龐大的農民這一現實也不可能改變。在這種情形下，農村土地流轉必然缺乏土地供應，不利于農業產業化和土地的規模經營。